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A importância e relevo que a cidade teve na reconquista cristã, na formação de Portugal e na identidade de um povo, levou a que, em Coimbra, se tivessem construído alguns dos mais belos e importantes monumentos nacionais, nomeadamente o Mosteiro de Santa Cruz. Este mosteiro, fundado em 1131, com o incentivo de D. Afonso Henriques, para a Ordem de St.º Agostinho, foi o mosteiro com mais influência na cidade, tendo contribuído para o desenvolvimento cultural, económico e político do Reino. Atualmente é onde repousam os restos mortais dos fundadores do Reino.
Foi em Coimbra que nasceram quase todos os reis da primeira dinastia (1143-1383). Testemunho da história de um país e de um povo, foi cenário de importantes acontecimentos da vida da nação Portuguesa. Um dos eventos mais significativos teve lugar na atual Sala dos Capelos da Universidade de Coimbra, que corresponde à antiga Sala do Trono do Paço Real. Foi nesse local que, em 1385, decorreu a reunião das cortes que aclamaram D. João I, mestre de Avis, rei de Portugal, dando início à segunda dinastia e assegurando uma solução independentista perante a ameaça Castelhana de conquista e anexação. Hoje, destinada a acolher as cerimónias mais importantes da Universidade, a Sala dos Capelos ainda exibe grandes telas com as figuras dos reis de Portugal, desde D. Afonso Henriques (1143) até D. Manuel II, com exceção da Dinastia Filipina. Destacam–se ainda a Capela de São Miguel, construída para servir de oratório aos monarcas que em Coimbra viveram e estabeleceram as suas cortes. Na antiga residência real, encontra–se também a Sala de Armas, onde estão guardadas as armas da antiga Guarda Real, atualmente Guarda de Honra da Universidade – Archeiros. A instalação definitiva da Universidade, em Coimbra, no antigo Paço Real, veio aumentar a responsabilidade da cidade, na formação intelectual da sociedade portuguesa, iniciada no século XII, no então Mosteiro de Santa Cruz.