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Este projecto é materializado através de um conjunto de iniciativas que são disponibilizadas às escolas inscritas pela ABAE, sob a forma de projetos, desafios, concursos, e que se regem por temas obrigatórios. Os resíduos, a água e a energia são temas que têm continuidade ao longo dos anos. Os temas para o ano letivo de 2018/2019 são o mar e a floresta, podendo as escolas desenvolverem outros temas, tais como agricultura biológica, espaços exteriores, biodiversidade, ruído, alterações climáticas e ainda temas que não sejam declaradamente temas previstos no Eco-Escolas, mas que contribuam para a sustentabilidade.
A ABAE garante o apoio, a formação, o acompanhamento, a monitorização e a avaliação do programa Eco-Escolas, através de uma Comissão nacional, da Comissão Eco-Escolas e das Câmaras Municipais onde se localizam as escolas inscritas. Para isso, é necessário que o Município celebre, anualmente, o acordo de parceria com a ABAE e entregue a Declaração do Município de Compromisso com o Programa Eco-Escolas referente a cada estabelecimento de ensino que queira participar. A CM de Coimbra reconhece o valor educativo do programa e tem aderido às suas diversas edições. Ao longo dos anos, o Município tem suportado a despesa relativa à inscrição das escolas no Programa, assim como tem prestado o apoio que tem vindo a ser solicitado, quer através da prestação de esclarecimentos, quer na colaboração para a dinamização de atividades.
No ano letivo 2016/2017 inscreveram-se dezassete escolas e foram galardoadas quatorze escolas com a Bandeira Verde. Para este ano encontram-se pré inscritas dezassete escolas, prevendo-se uma adesão de vinte escolas.