O percurso “Urbe Natural” inicia-se no jardim da Avenida Sá da Bandeira, é delimitado longitudinalmente por plátanos, pontuado por palmeiras, e culmina com uma majestosa araucária.

Logo a seguir abre portas o Parque de Santa Cruz, o qual conserva ainda alguma da sua vegetação primitiva, essencialmente constituída por espécies de folha perene, como o loureiro, conferindo-lhe um ambiente sombrio e fresco, aspecto reforçado pelos jogos de água que detém. A manutenção das condições ecológicas do Parque de Santa Cruz, aquando do crescimento urbano da cidade, designadamente no que respeita aos pontos de água, níveis de humidade e bases alimentares, permitiu que a população de sapos-parteiros se tenha mantido nesta área.

No Penedo da Saudade fita-se o olhar no longínquo. É um dos espaços românticos da cidade, e por vezes é revisitado em busca de memórias… Por ali ficaram algumas oliveiras, loureiros, lodãos e medronheiros que entretanto se viram rodeados por inúmeras espécies exóticas. Por entre a vegetação os insectos são abundantes, permitindo que aqui se estabeleça uma interessante comunidade de aves, que deles se alimentam.

O Jardim Botânico, parte integrante do Museu de História Natural da Universidade de Coimbra, foi planeado essencialmente com fins didácticos e científicos. Aqui se encontram espécies de flora oriundas das mais diversas regiões da Terra.