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Devido à instabilidade do terreno e às frequentes cheias do Mondego, que muitas vezes transbordava, a igreja era invariavelmente alvo de grandes estragos. Após sucessivas obras optou-se por construir uma nova, num local mais elevado e a salvo de inundações. Assim, em 1710, iniciou-se a construção do novo templo, por iniciativa do bispo D. António de Vasconcelos e Sousa. A igreja que hoje podemos ver, consagrada igualmente a Santa Justa, recebeu todos os bens e objetos de arte da anterior, bem como todos os seus privilégios.
A fachada da igreja, em estilo maneirista, é um bom exemplo da transição do estilo renascentista para o barroco, datando a obra dos inícios do século XVIII, do reinado de D. João V. Na fachada, destacam-se os janelões e as torres sineiras, bem como quatro nichos que acolhem as esculturas de São Francisco, Santa Rufina, Santa Justa e um Bispo. No interior, na capela-mor, destaca-se um aparatoso altar barroco, executado em 1718, pelo entalhador Francisco Machado, que possui uma estatuária de excecional qualidade. Ao centro, uma escultura policromada de Cristo em Majestade, ressuscitado e reinando sobre o Universo, sentado no trono do Juízo Final, com uma mão sobre o Globo e outra levantada em sinal de poder e autoridade. Sobre o trono celestial, a representação do Espírito Santo, tendo uma escultura de Santa Rufina e de Santa Justa, a cada um dos lados.