Anos mais tarde, em 1314, Dona Isabel de Aragão, a Rainha Santa Isabel, interessou-se pela refundação do mosteiro, mandando construir novos edifícios dos quais se destacam o claustro e a igreja, sagrada em 1330. 

As frequentes inundações provocadas pelo rio Mondego levam, de imediato, a constantes alterações arquitetónicas nos edifícios monásticos.

Finalmente, em 1677, as clarissas veem realizado o sonho de um novo mosteiro, mais resguardado das margens do rio. Esta nova edificação ficaria a ser conhecida por Mosteiro de Santa Clara-a-Nova.

Em 1995 começam as obras de intervenção para valorização deste antigo mosteiro, do qual surgiram várias e agradáveis surpresas colocadas à fruição de todos, desde 2008, não só a área de ruína, mas também o Centro Interpretativo com achados arqueológicos, resultado das  escavações e estudos do local.