A vida das Clarissas tinha-se tornado de tal maneira  insustentável que o rei D. João IV decidiu patrocinar a construção de um novo convento, erguido a uma cota elevada, a salvo de inundações. Em 1696, o novo mosteiro ficou concluído e recebeu então as clarissas, fiéis depositárias dos restos mortais da Rainha Santa Isabel, que ali está sepultada.

O edifício é em estilo sóbrio e utilitário. Na igreja, dedicada à Rainha Santa Isabel, foi preparado um retábulo barroco para albergar a urna de prata e cristal, do séc. XVII, para veneração da padroeira da cidade de Coimbra. À frente da urna, num pedestal, encontra-se a imagem da Rainha Santa Isabel, peça única de mogno, esculpida por Teixeira Lopes e oferecida à Confraria da Rainha Santa Isabel, pela Rainha D. Amélia.

O primeiro túmulo da padroeira, executado por Mestre Pero, em 1330, está atualmente no coro baixo da igreja; é uma obra única e exemplar da arte tumular gótica.

O claustro de 1733, do arquiteto e engenheiro Carlos Mardel, apresenta já a transição para uma nova linguagem artística – o classicismo.