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Com a venda dos Bens Nacionais, provocada pela extinção das Ordens Religiosas, em 1834, o edifício foi adquirido pelo conde do Ameal que, sob a orientação do arquiteto Silva Pinto, o transforma em residência/museu, dada a vasta coleção de arte de que era detentor.
Posteriormente, o edifício volta a sofrer remodelações, desta vez projetadas pelo arquiteto Castelo Branco, para albergar as funções de Palácio da Justiça. São desta época os portões e alguns candelabros, em ferro forjado, magníficos exemplares da serralharia artística coimbrã da primeira metade do séc. XX, da autoria de Daniel Rodrigues.
Da época inicial ficou apenas o claustro, traçado pelo arquiteto Diogo de Castilho, ao qual se adicionaram motivos decorativos neorrenascentistas da autoria de João Machado, bem como painéis azulejares assinados por Jorge Colaço, retratando a História de Portugal e de Coimbra.