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Mercê do auxílio de D. João III, e sob a direção do espanhol Frei Luís de Montoya, o Colégio começou a funcionar em 1543 para os Eremitas Calçados de Santo Agostinho, mais conhecidos por “Gracianos”, tendo sido incorporado na Universidade por Carta régia de 1549. Foi responsável pela formação de colegiais muito distintos que seguiram a corrente teológica e filosófica de Santo Agostinho, alguns dos quais viriam a ser reitores da Universidade.
O projeto do complexo de edifícios é da autoria do arquiteto Diogo de Castilho e a igreja foi uma das primeiras construções portuguesas de estilo renascentista em Portugal.
Após a extinção das Ordens Religiosas e nacionalização das suas casas e bens, foi a Igreja entregue à Irmandade do Senhor dos Passos e a parte colegial está atualmente ocupada pela Liga dos Combatentes da Grande Guerra, pelo CES e pelo Centro de Documentação 25 de abril.
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